制药废水中有机污染物含量高、毒性物质多、难降解物质多、含盐量高，这是一种危害较大的工业废水，随意排放会对环境造成极大危害。主要危害有：

　　1、制药废水中的污染物之间会与水体中物质发生化学反应，产生新的污染。例如，亚硝胺类物质是一种强致癌物。如果在废水中含有土霉素、哌嗪、吗啉、氨基匹林等物质，它们会在酸性介质中与亚硝酸钠发生反应生成二甲基亚硝胺。

　　2、当有机物在水中进行生物氧化分解时，水中的溶解氧将被消耗掉。有机物含量过高会使水缺氧或脱氧，从而导致水中好氧水生物死亡，厌氧微生物大量繁殖，缺氧消化产生甲烷、硫化氢、醇、氨、胺等物质，进一步抑制水生生物，使水体发黑发臭。

　　3、某些药剂及其合成的中间体往往具有一定的杀菌或抑菌作用，从而影响水体中细菌、藻类和其他微生物的代谢，最终破坏水体的整个生态系统平衡。例如，当水中含有青霉素、四环素和氯霉素时，绿藻的生长会受到抑制。